一、48道基因合成仪设备相关误差：

　　1. 加样系统误差

　　移液精度波动：

　　不同通道的移液泵或阀可能存在差异，导致加样量不一致（如碱基单体分配不均）。

　　长期使用后，移液部件磨损或堵塞，造成体积偏差。

　　交叉污染：

　　通道之间密封性不足，导致液体残留或挥发物扩散，引起碱基或酶污染。

　　2. 温度控制误差

　　反应体系温差：

　　48通道加热模块的温度均匀性不足，部分孔位温度偏高或偏低，影响延伸效率。

　　升温/降温速率不一致，导致PCR或连接反应不同步。

　　热盖压力不均：

　　热盖与反应板接触不紧密，部分孔蒸发严重，改变反应体系体积。

　　3. 检测系统误差

　　荧光/吸光度检测偏差：

　　不同通道的光学检测器灵敏度差异，导致对合成效率的判断失误。

　　背景噪声干扰（如荧光淬灭或散射），影响实时监测准确性。

　　4. 机械故障

　　磁珠分离或振荡混匀不均：

　　磁力模块磁场强度差异，导致磁珠回收效率不同，影响洗涤或纯化效果。

　　振荡频率或时间不一致，导致反应混合不充分。

　　二、48道基因合成仪的操作与流程误差：

　　1. 程序设置错误

　　参数输入偏差：

　　合成周期（如延伸时间、变性温度）设置不当，导致片段长度或错配率升高。

　　未根据模板类型（如GC含量高、二级结构）调整参数。

　　自动化脚本漏洞：

　　多步骤程序（如切割、连接、纯化）衔接不当，导致反应中断或过度处理。

　　2. 样本加载问题

　　加样顺序或位置错误：

　　人工加样时未按规范操作（如未更换枪头），引入外源DNA污染。

　　不同通道的起始物料量差异（如引物浓度不同），导致合成效率不均。

　　3. 纯化与回收效率低

　　磁珠或硅胶膜纯化损失：

　　纯化过程中小片段DNA（如短寡核苷酸）吸附损失，降低产量。

　　洗涤不彻*，残留盐或杂质抑制后续反应。